Im Februar 1908 beauftragte der Provinzial der Sächsichen Franziskanerprovinz den Bruder Quintilian Borren, im Oldenburger Land einen geeigneten Ort für eine Niederlassung zu suchen. Nach der Besichtigung verschiedener Orte schlug der Offizial Grobmeyer in Vechta den Franziskanern Mühlen als Standort vor. So wurden die Franziskaner nach Mühlen geschickt, um einen geeigneten Platz für das Kloster und die Kirche ausfindig zu machen. Trotz des Widerstandes des Pfarrers in Steinfeld ließen sich die Franziskaner, von der Mühler Bevölkerung freudig begrüßt, dort nieder. Unter der Leitung von Bruder Quintilian - er war Architekt - begannen sie 1908 mit dem Bau eines kleines Klosters. Daraufhin erfolgten die ersten Arbeiten zum Bau einer Kirche.
Am 19.03.1909 konnte bereits der Grundstein gesetzt werden. Am 21. Dezember des gleichen Jahres wurde das fertiggestellte Gotteshaus unter großer Beteiligung der Bevölkerung benediziert. Seitdem wird in der Kirche die Hl. Messe gefeiert.
Es ist heute nicht mehr nachvollziehbar, dass diese große Kirche in knapp einem Jahr gebaut werden konnte. Am 20. Oktober 1910 wurde die Kirche ein einem feierlichen Gottesdienst durch Weihbischof Eberhard Illigens, Münster, konsekriert.
Im Laufe der Zeit hat das neuromanische Gotteshaus manche Veränderung erfahren, entsprechend den liturgischen Erkenntnissen. Eine bedeutende Veränderung war 1996 anlässlich einer großen Renovierung die Errichtung des neuen Altares und die Sammlung der Gläubigen um ihn in den beiden Querschiffen.
Die Kirche und die Pfarrgemeinde St. Bonaventura wird von den Franziskanern betreut. Zur Zeit wohnen drei Franziskaner im Jahre 2007 neu gebauten Haus hinter der Kirche. Die Gemeinschaft versieht regelmäßig Seelsorgearbeiten in den umliegenden Gemeinden.
Am 27. April 2008 feiern die Franziskaner mit der Gemeinde St. Bonaventura und allen Gästen das 100-jährige Jubiläum ihres Klosters, bis dann im Jahre 2010 das 100-jährige Jubiläum der Kirche ansteht.
Zur Zeit leben 3 Priester im Kloster (siehe Foto rechts)
von links nach rechts: Pfarrer P. Wolfgang, Pater Rudolf und P. Gisbert Preuß